网站物理结构指的是网站目录及所包含文件所存储的真实位置所表现出来的结构，物理结构一般包含两种不同的表现形式:扁平式物理结构和树形物理结构.

对于小型网站来说，所有网页都存放在网站根目录下，这种结构就是扁平式物理结构，如下图

采用扁平式物理结构的网站，页面URL地址一般如下: 这种扁平式物理结构对搜索引擎而言是最为理想的，因为蜘蛛只要一次访问即可遍历所有页面。但是，如果网站页面比较多，太多的网页文件都放在根目录下的话.查找、维护起来就显得相当麻烦，所以，扁平式物理结构一般适用于只有少量页面的小型、微型站点。对规模大一些的网站,往往需要二到三层甚至更多层级子目录才能保证网页的正常存储，这种多层级目录也叫做树形物理结构，即根目录下再细分成多个频道或目录，然后在每一个目录下面再存储属于这个目录的终极内容网页。

采用树形物理结构的网站，页面地址一般如下:
采用树形物理结构的好处是维护容易，但是搜索引擎的抓取将会显得相对困难一点点.目前互联网上的网站，因为内容普遍比较丰富，所以大多都是采用树形物理结构.（如上图）